Online Documentation for SQL Manager for MySQL
Настройка диаграммы
Настроить вид диаграммы можно с помощью инструментов, расположенных на вкладке Options | Environment Options | Tools | Visual Database Designer. Окно настроек можно открыть также с помощью кнопки 
Diagram options, расположенной на одной из панелей инструментов или соответствующего пункта контекстного меню.
Подробно про опции настройки диаграммы на странице Настройка диаграммы.
Смотрите также:
Настройки визуального конструктора баз данных
